東京地裁で破産手続を行った場合に、99万円までの現金は手元に残しておくことができます。

現金以外の財産が破産管財人によって処分されるかどうか（手元に残せるかどうか）は、基本的にその財産が20万円を超えるかどうかで判断されます。

20万円以下であれば、生命保険を残すこともできますし、自動車を残すこともできるということになります。

しかし、有価証券については、“原則として換価等をしない財産”として列挙されておらず、金額にかかわらず破産管財人によって処分されるのが基本ということになります。

申立前に有価証券を換価しておき、それを破産手続費用や弁護士費用に充てればさほど実際上の影響はあまりない話なのですが、中には換価することが難しい有価証券もある（例えば勤務先の持株会に加入しており、自由に売買できないなど）ので、その場合は注意が必要です。

なお、同時廃止と管財手続の振分けの基準の点においては、有価証券についても20万円以内か否かが基準になりますので、例えば数万円程度の有価証券がある場合でも同時廃止になることはあります。
そして、同時廃止になればその有価証券は換価されないで手元に残るということになります。

管財手続になった場合で少額の有価証券を保有しているという場合は、管財人によってその有価証券が処分されることになるか、その有価証券の金額分の金銭を財団に組み入れる（破産管財人に支払う）ことになるのが基本です。
後者を選ぶ予定の場合は、引継予納金20万円のほかに有価証券分の金額を管財人に支払うことになるということを念頭に置いておくとよいでしょう。